Angefangen hatte alles im Jahre 1965 mit einem Fußballspiel „Unterdorf“ gegen „Oberdorf“. Vor dem Rückspiel gründeten einige Fußballbegeisterte am 4. März 1966 im Gasthaus Fischer den „Fußballclub Kleinaitingen“. 22 Mitglieder trugen sich in die Gründungsliste ein und wählten aus ihrer Mitte zum 1. Vorsitzenden Franz Fritsche, als 2. Vorsitzenden Hans Kistler und Peter Müller als Schriftführer und Kassier. Die Gemeinde stellte dem Verein einen Teil der alten Schafweide als Bolzplatz zur Verfügung. Es wurden ein Spielfeld und ein Trainingsplatz angelegt und der Verein meldete sich für die Saison 1967/68 zur Verbandsrunde an. Im Laufe der Jahre wurden Umkleidekabinen und ein Sportheim (1977) gebaut, ein Freisitz mit Keller errichtet, weitere Abteilungen wurden gegründet: Gymnastik (1973), Kegeln (1974), Ski (1977) und Volleyball (1984). Mit der Fertigstellung der Lechfeldhalle 1979 hatten die Gymnastikdamen endlich einen festen Platz, auch Kinderturnen konnte jetzt angeboten werden. Mit der Verabschiedung einer neuen Satzung wurde der Verein neu strukturiert und die Eigenständigkeit der Abteilungen festgelegt. Unter dem Namen FC Kleinaitingen e.V. ist der Verein seitdem beim Amtsgericht Schwabmünchen eingetragen und erhielt vom Finanzamt Augsburg die Gemeinnützigkeit zuerkannt (1996). 1990 wurde das alte Sportheim abgerissen, das neue wurde am 18. September 1992 eingeweiht. Vom 15. bis 17. Juli 2016 feierte der Verein sein 50-jähriges Bestehen.